Eesti Euroopa Liikumise nõukogu on liikmete poolt valitud volinike kogu.
Vastavalt põhikirjale on nõukogu ülesandeks korraldada ühingu juhtimist ja planeerida ühingu tegevust. EEL-i nõukogu käib koos vähemalt kord kahe kuu jooksul.

Nõukogu pädevusse kuuluvad alljärgnevad küsimused:
1) Ühingu tegevuse korraldamine kooskõlas Üldkoosoleku otsustega;
2) Ühingu vahendite kasutamise otsustamine ning volituste andmine juhatusele Ühingu varaga tehingute tegemiseks, kui vastavad tehingud ületavad nõukogu poolt kehtestatud määra;
3)  Ühingu eesmärkide saavutamiseks ning töö efektiivsemaks korraldamiseks vajalike alaliste või erakorraliste töörühmade moodustamine ning nende töö koordineerimine;
4) Ühingu liikmetele konkreetsete kohustuste määramine seoses Ühingu tegevusega;
5) täiendavate vahendite leidmine Ühingu tegevuse finantseerimiseks;
6)  kontaktide ja koostöö loomine ja arendamine teiste analoogsete organisatsioonidega;
7) Ühingu juhatuse liikmete valimine ja tagasikutsumine.

Täpsemalt vaata Ühenduse põhikirjast.

Üldkogul 29.05.2009 ja 20.06.2008 on valitud ühenduse nõukogusse järgnevad Eesti Euroopa Liikumise liikmed:

EELi president

Riivo Sinijärv, suursaadik
riivo(at)euroopaliikumine.ee
Valitud 29.05.2009 2 aastaks

2. aastaks valitud nõukogu liikmed

Juhan Lepassaar, Riigikantselei Euroopa Liidu sekretariaadi Euroopa Liidu asjade direktor
juhan.lepassaar(a)riigikantselei.ee
Valitud 29.05.2009

Liia Hänni, E-riigi Akadeemia e-demokraatia programmi direktor
liia(a)ega.ee
Valitud 29.05.2009

Viljar Veebel, TÜ Euroopa kolledzh, õppejõud
viljar(at)ec.ut.ee
Valitud 29.05.2009

Jaan Sõrra, Tartumaa Põllumeeste Liit, juhatuse esimees
ttl(at)kodu.ee
Valitud 20.06.2008

Siiri Oviir, Euroopa Parlament, parlamendi saadik
Euroopa Demokraatide ja Liberaalide Liidu fraktsioon, juhatuse liige
Valitud 20.06.2008

1. aastaks valitud nõukogu liikmed
1. aastaks valitud nõukogu liikmeid käesoleva nõukogu koosseisus ei ole.